Bolsa de Estudos é o desconto parcial ou integral da mensalidade de uma instituição de estudos. No Prouni, o aluno selecionado passa a não receber mais os boletos bancários para o pagamento da universidade, ficando estes à cargo do Governo Federal.

Inicialmente, o Aluno não recebe nenhuma gratificação do Prouni, apenas a isenção total ou parcial na mensalidade da universidade. O Aluno não pode transformar a Bolsa do Prouni em benefício financeiro. Em 2006 foi instituída a Bolsa-Permanência, que confere ao estudante bolsista do Prouni um auxilio de R$ 300,00 mensais para que este consiga estudar.